O uso de oleaginosas, como matérias–primas renováveis para a produção de biocombustíveis, não lhes garante a ecocompatibilidade, mesmo que sua produção seja carbono-neutra. Com a possibilidade de ampliação das culturas, crescem as preocupações acerca de desmatamentos, proteção da biodiversidade e poluição dos recursos aquáticos. O cultivo de microalgas para a produção de biomassa é largamente aceito como uma provável opção ecocompatível para a geração de biocombustíveis. As vantagens são baseadas na alta eficiência de conversão fotossintética, provendo comparativamente uma produção mais alta por hectare, alta taxa de seqüestro de CO2, possibilidade de produção continua durante o ano, alto suprimento de óleo, com reduzido uso de água, além da possibilidade de modulação da composição da biomassa e da quantidade de óleo produzido por alteração de parâmetros de cultivo. Atuais limitações técnicas são: 1- a identificação de cepas nativas com alta taxa de crescimento e alta produção de óleo; 2- o suprimento de CO2 e nutrientes a baixo custo, para uma mais alta eficiência de produção; 3- o processo de colheita (concentração da biomassa). Este trabalho situa a produção de biocombustíveis no contexto da política energética do Brasil e envolve uma análise, nos aspectos científicos, econômicos, ambientais e sociais das vantagens de uso das microalgas como matéria-prima para biocombustíveis; baseia-se em uma ampla revisão bibliográfica dos aspectos tecnológicos da produção de biomassa algal e em resultados conseguidos pela equipe do Labiomar (IB-UFBA), em associação com pesquisadores do Mestrado Profissional em Bioenergia da Faculdade de Tecnologia e Ciências, em Salvador. Concentra a discussão nas inovações empregadas no processo de produção, que evidenciam custos mais baixos e possibilidades de oportunidades de emprego e renda, com o uso do cultivo de microalgas para a produção de biocombustíveis.